和传统的护照相比，电子护照在封底增加了一块“射频识别芯片”（RFID），这种芯片当中存储有与护照页中一样的信息，其中包括护照所有人的的脸部数码相片，姓名，出生地，出生日期，性别，护照号码，护照颁发的时间以及截止日期等等。

识别芯片可用一个识别器在4 英寸的距离范围内进行读取。电子护照可以自动识别人的身份，缩短进入海关的检查时间，打击假护照，从而更好的保证边境安全。美国国会已经要求所有与美国有免签证协议的国家必须发行电子护照。

美国将依据安全旅行的国际标准发行电子护照。其它有关国家必须发行含有持照人的生物信息（比如相片，指纹和虹膜扫描等信息）的电子护照。

据悉，在有电子护照识别器的美国机场，海关，或者边境入口会提供电子护照标识。电子护照中的信息无法被更改，如果需更改，护照所有人只能申请新的护照。传统护照仍可继续在美国使用。

一些批评家对射频识别芯片技术的安全性表示担忧。

许多公司的职员现在已经无线识别芯片技术通过公司的安全入口，可以肯定的是，恐怖分子，不坏好意的人能够窃取持照人的信息。CIS首席技术官Bruce Schneier表示，无线识别芯片技术的护照不被骇客侵犯的可能性为零。

但是，美国国务院认为，一些人对此过度忧虑了。他们表示，技术人员已经在电子护照上加入了密码锁，另外，电子护照还具有信息加密及芯片屏蔽等保护措施。

美国护照管理部门的一位官员Frank Moss说：“如果这样的护照还不安全的话，我们耶不会发行电子护照了。”据悉，电子护照已经发给了美国国务院的核心人员使用。

但安全问题依然存在。今年5 月，特拉维夫大学的研究人员就用不到110 美元的电子器件制造出了芯片略读器（skimmer ），该装置可以放进文件箱，旅行箱或衣服中。

另外，特殊的天线可以将芯片读取的范围从几英寸增加到几英尺。2005年，剑桥一位研究人员研制出的一种“非无接触式智能卡”（contactless smart card）就可以将读取范围扩展到160 英尺以内。

尽管电子护照封面上具有防略读功能，但身份小偷们还是有可能在人群拥挤的机场，饭店大厅蒙骗识别器。