一些厂家考虑了IC卡和CPU卡的兼容性难题，也在设计相应的软件来实现兼容，但读卡器硬件兼容的难题，目前仍在研发中，兼容的软件相对容易实现。
由于2009年关于IC卡加密破解的难题被攻破，国家信息产业部发布相关信息，对于日后门禁系统及一卡通系统在关键部门和机关禁止使用IC卡作为识别卡、计费卡。因此，众多门禁厂家纷纷改变原有的设计，主要是采用了CPU卡读卡器和相应的CPU卡，并重新做了加密解密的算法。一些厂家考虑了IC卡和CPU卡的兼容性难题，也在设计相应的软件来实现兼容，但读卡器硬件兼容的难题，目前仍在研发中，兼容的软件相对容易实现。
门禁系统最重要的是防范加密卡破解，识别和控制相对是比较容易做到的，因此对于卡的性能是十分关键的。采用何种卡，就要相应的采用不同的硬件标准来匹配，同时各个公司在采用的卡里面设计自己的加密算法，也是该公司技术的核心，如何具备一套既可靠又稳妥的软硬件技术是门禁厂家的关键点。
随着计算机技术的高速发展，目前新开发的门禁系统全部使用了高性能的处理芯片，如ARM9、ARM7系列芯片，且采用基于TCP/IP技术，前端读卡器多采用目前安全性最高的CPU读卡器和CPU卡，但这只是目前短时期的技术发展方向。魔刀一尺，道高一丈，无论采取如何可靠的加密卡，都会有被破解的几率，只是时间和成本的问题了，但随着科技手段的提高，破解的成本和时间是越来越低。因此，安全性的提高只有是基于生物技术的发展才可以最终解决破解加密的难题。采用活体指纹技术，静脉图像识别技术，人脸识别技术，虹膜识别技术，DNA识别技术等，甚至是几种生物识别技术都联合在一起运用的门禁系统才是最终的技术发展方向。虽然现在已有这样的门禁系统，但成本很高，因此降低生物识别传感器的成本和提高识别的技术是今后主要的技术难点。这里面包含数学、生物、物理、传感、光学、计算机等多种高科技手段，只有联合开发才可以实现。