海峡交流基金会最新一期「两岸经贸」杂志报导，财政部曾对广大台商进行问卷调查，并与台商会长、台商代表及进出口业者座谈。据台商填答的问卷及参加座谈者的意见，都赞成两岸加强合作。

　　报导指出，许多台商认为，大陆海关在货物关税估价方面，常有未依申报的实在价格估价情形，且常出现税则分类作法不一，都造成台商权益受损，因此希望两岸海关合作协议签署后，有效协助解决台商进口货品关税估价及税则分类等通关问题。

　　另有参与座谈会的台商指出，台湾海关多年来持续改善与进步，目前运作方式及制度优良，建议两岸海关加强交流，「让大陆地区海关有机会向台湾地区海关学习」。

　　海关协议签署后，双方海关将建立沟通平台，藉由联络热线的设置，可适时、直接又快速的协助厂商处理关税估价、税则分类及原产地认定等通关问题，避免浪费厂商的人力与时间。

　　便捷货物通关部分，则有助于降低营运成本；双方将共同就推动安全认证优质企业（AEO）相互承认、应用无线射频识别技术（RFID）在跨境货柜监管及建立电子信息交换系统等方面，进行专业技术合作，节省厂商通关成本，进而提高产品市场竞争力。