在历次的海关合作工作小组会议中，两岸海关均深刻体认海关对两岸贸易之货物进出境具有关键影响力，海关作业的良窳将影响货物通关效率，为使两岸海关有制度地推展海关合作事项，且为避免通关作业问题影响ECFA执行，有必要积极推动签署两岸海关合作协议，俾使两岸海关建立制度化且长期的合作关系，双方设定一致目标及具体合作事项，共同为改善两岸贸易环境而努力，进而充分发挥ECFA的效益。

　　协议内容

　　协议系参考国际间签署之关务互助协定，并考量双方海关有关规定及两岸经贸往来情形所研拟，本协议架构包括序言、总则、海关程序、海关合作、请求程序，以及其他等6大部分。 协议规定双方关务程序应遵循国际规范，符合透明化原则，并运用风险管理，采分级管理方式，使合法的通关案件快速通关，提高两岸货物通关效率，并打击非法贸易，达到促进两岸贸易便捷与安全之目的。 协议并包含优质企业(Authorized Economic Operator, AEO)相互承认、应用无线射频识别技术（Radio Frequency IDentification, RFID）执行海关监管、加强在保税区海关管理方面的交流与合作等具体合作事项，一旦协议签署完成，两岸海关即可就个别合作事项积极进行推动，并设立专家小组负责执行，以充分发挥签署本协议的效益。

　　关务技术之合作

　　关务技术方面的合作，是本协议的一大特色。 相较一般国际关务互助协定仅针对合作事项时作原则性规范，本协议之合作事项，系两岸海关考量当前世界海关推动重点工作及各自需求，订定出更为具体之合作项目，并配合科技设备的运用来执行，如AEO相互承认及RFID电子封条之运用。

　　AEO认证制度，系以世界海关组织之“全球贸易安全与便捷标准架构”（SAFE Framework）为基础，为当今世界各国海关积极推动之重点工作项目，也就是海关对于符合安全要求等条件的优质厂商给予快速通关优惠待遇并降低其查验率。 而本协议签署后，双方海关将可推动AEO相互承认，相互承认优质企业资格并提供优质厂商货柜的通关优惠，减少货物查验，将可大大节省优质厂商时间与人力成本，享受跨境贸易便捷之利益。 对海关而言，海关有限资源可集中运用在查验高风险厂商及货物上，落实风险管理，提高查验的效率并减少扰民情况发生。

　　而应用RFID执行海关监管，更是两岸海关未来合作的重要课题。目前，促进货物跨境移动便捷化及确保供应链安全之理念，已成为当今各国之共识，鉴于两岸间贸易密切与频繁，为强化边境安全与同时促进贸易便捷，签署本协议后，两岸海关可在RFID技术方面进行交流及合作，强化货柜完整与运送安全，提高货柜管理追踪的透明度与效率，双方海关并建置跨境资讯交换平台，共同掌握货柜动态，除了可以针对高风险货柜进行追踪与管控外，更可以使低风险货柜（AEO货柜）享有快速通关低查验率的优惠，对于创造双方海关及两岸厂商双赢局面，助益极大。