万方数据坚持不懈地提升自身技术研发水平，技术创新层出不穷，也推进了中国信息服务业的技术进步。  

　　2000年11月，万方数据率先推出资源镜像系统，标志着我国信息服务技术进入了由磁盘/光盘复制向镜像链接转变的新时代。2002年，中国第一个学位论文全文数据库面市，该库整合了万方数据的全文加工处理技术，信息数据服务实现了全文检索。2004年，万方数据的主站及镜像系统利用自主版权的RMS系统升级后通过CALIS等大镜像用户的压力测试，综合性能得到全面提高，推进了国内信息服务行业自主知识产权核心软件的研发工作。2006年，万方数据联合中国科技信息研究所、中科院地理所等顶级国家科学及信息机构在北京召开“首届科技信息资源共享促进国际研讨会”(Coinfo)。此后，每年一届的Coinfo会议成为我国筹办的科技信息资源领域重要高端国际会议之一。2006年，万方数据应邀参加了在英国举行的DOI(Digital Object Identifier，)年会，并于2007年成为DOI（数字对象唯一标识符，是国际出版、图书馆等行业公认的唯一标识符事实标准,不仅能够永久、唯一地标识信息资源,而且能够在互联网环境下动态定位资源,被誉为“互联网上的条形码”。）唯一中文代理注册机构。目前,中文DOI注册数量已超过112万,在国际DOI基金会(IDF)全球的8家注册机构中位列第二。 

　　2009年7月9日,由万方数据研发的中文数字对象标识注册与服务系统(简称“中文DOI系统”)在第三届中国数字出版博览会获得创新技术奖。 

　　此外，万方数据拥有先后获得国家重点新产品证书的IMS Web信息服务支持系统、I-kown智能知识服务系统V1.0等核心软件和《万方数据中华医学会数字化期刊系统V1.0》等20个获得软件产品登记证书的具有自主知识产权的软件产品。 

　　为了承担起中国信息服务产业科技攻坚的重任，万方数据于2007年成立了技术研究院，专注于DOI系统的研发与推广，企业创新服务系统研究，数字复合出版关键技术研究，战略与政策研究和万方数据知识服务平台框架等方面的研究。2007年，万方数据先后与北京大学、南京大学、南京理工大学、武汉大学等6所高校合作创办联合实验室，开国内信息资源学科校企科研合作之先河，有力地推动了产学研的互促互动。