虽然在零售行业的推动下RFID有着很好的发展势头，但如同任何革命的技术一样，在自动识别实现中也有需要克服的挑战。一些挑战本质上是技术的，一些是经济的和社会的。
预测表明，到2008年，至少会有5家大型零售商在供应链上全面采用RFID，届时将有10O0家消费类商品供应商在200亿个包装上贴上RFID标签；与此同时，RFID－EPC阅读器的全球销量将达到10万个。然而，即便是拥有如此广阔的市场前景，我们也要首先认识到所面临的困难。
不管怎样，RFID－EFC都将改变一切，只要有更多的公司理解和采用RFID和EPC，其应用将呈现出"爆炸性"的增长，成本也会急速回落。RFID之所以有很好的发展势头，主要是靠零售行业的推动。其根本原因是RFID的应用对提升经营管理水平和盈利有很大的帮助。另外，EPC作为主要编码标准也会给零售企业带来方便。因此，零售业将势必走向RFID。
虽然在零售行业的推动下RFID有着很好的发展势头，但如同任何革命的技术一样，在自动识别实现中也有需要克服的挑战。一些挑战本质上是技术的，一些是经济的和社会的。
准确性。阅读器不能保证能够在100％的时间与所有标签进行通信。环境的问题，加了标签的商品的结构和标签的容量将会影响读出的准确性。而且，准确性也与企业关注的程度与依赖的数据完整性的多少成正比。RFID为人工或半自动数据收集过程提供了许多优势，通过使用冗余的阅读器、信息检查和流程再设计可以减少准确性方面的缺憾。如果在货盘或箱级加标签，需要读出的标签更少，准确性会增加。
干扰。当阅读器增加时，更多的干扰事件将发生。依赖于射频和电源使用的设备，例如电话设备、无线电话和工业设备可能会受到影响。因为RF技术以前尚未普遍采用，将会对什么产生冲击是很难讲的，重要的是良好的工程设计和适当的协调。认识RF对健康状况的风险也可能发生。当没有证明RFID的电源和射频对员工有任何负面影响时，目前还没有人进行这样大规模的执行。更多研究和监控将需要解决公众关注的这个问题。
性能。智能对象将产生海量的数据。如果存储在一个大型中央存储区中，许多数据将不易访问，因此某种分布式数据将是必要的。这种分布式数据将如何管理？它是否易于访问？如何访问它？自动识别标准要求只读标签有一个惟一的标识符。然而，要看到任务的关键应用并不困难，这不是惟一的选择。例如，在野外工作、远程位置，甚至机场地面区域，网络访问的速度不能保证，标签上带有数据将会方便得多。
数据保存的位置，还有网络基础和计算平台都将大大地影响速度。简单地讲，EPC的数据必须满足可供使用的要求。
射频实用性：由于RFID使用许可的RF频谱，对RFID可利用的频谱可用性是一个问题。虽然有一些是很普通的射频，但是还没有一致的标准。13．56M H z和2．45GH z是全球公认的两个标准ISM射频，这些在世界大多数国家是可用的，尽管略有不同限制。然而，更有用读出范围和速度是在915M H z或超高频（UH F）工作的标签。900M H z的UH F频谱不是全球都普遍采用射频和电源水平，这将通过两种潜在的方法解决。第一个选择是多射频阅读器。完整的RF系统设计（天线、阅读器和标签的整合）是问题最困难的部分。第二个选择是普通射频。很明显，因为这涉及数百万元的投资，从决定生产到实际投产间相隔的时间相当长。然而，这并不表明并非所有射频对所有应用都是有效的。
安全：安全极为重要，并包含许多等级。有读出安全（或能够读出标签）、数据的安全和许多其他安全问题。为了使该技术的用户放心，需要保证没有人能够"截获"一个智能对象。因为标签是只读且难以伪造的，安全在某种程度上是可以保证的。自动识别技术的用户也将需要依赖于网络上的自动识别数据的安全。
数据所有权：数据所有权也是一个问题，它与安全有关。谁"拥有"针对对象的大量事件信息呢？很明显，制造商拥有为商品设计PM L类型数据的权利，读标签的阅读器的所有者拥有采集的数据。然而，如何分享这些信息还是个未知数。
当数据通过一个供应链时，许多方面都将与其发生关系，并可以为对象更新数据。那些采集数据甚至想要共享数据的人，例如，一个会比其他人用更少周转时间配送的厂家是否会对共用单品级跟踪信息感兴趣呢？终端用户（顾客）最终将"拥有"一件商品和其数据，如果是这样，那些流程改进或数据采集的数据会不会影响到隐私呢？
最后，虽然当购买发生的时候，"杀死"一个标签是一种选择余地，但这种方法也切断了未来再循环的好处和引入标签的潜力。
隐私：最后，人们感到自动识别的一个很大的风险是隐私方面的关注。跟踪商品进入家中的想法正困扰着涉及的每个一方面，缺少对RFID的局限性的理解引发了顾客的担忧。这里教育是关键的---当人们知道了这个技术何时和如何工作，在标签上确切地存储了什么之后，对隐私的关注可能减少。同时，当顾客看见了技术带来的价值后，接受度将会增加。例如，上面存储的保修信息能帮助顾客修理商品，再循环信息能为他们树立环境意识并获得信誉。
此外，还有一些合法竞争的问题。零售商可以认为技术是对他们竞争者的帮助。例如，因为EPC是全球惟一的，它可能从EPC中特定的商品信息得到足够的数据。使用手持阅读器通过一个商店的人流量了解竞争者的货架分类和库存水平等信息，这个信息现在是可供使用的。技术使获取信息变得更加简单和容易。